Empresas que tem interesse em atuar na aviação agrícola, seja ela pública ou privada, são obrigadas a ter registro junto ao Ministério da Agricultura. Os registros somente são liberados se as empresas interessadas tiverem um engenheiro agrônomo credenciado pelo Conselho Regional de Engenharia, Arquitetura e Agronomia (CREA) responsável pela coordenação das atividades a serem desenvolvidas para aviação agrícola, e pilotos licenciados pelo Ministério da Aeronáutica, com certificado de conclusão de curso de aviação agrícola reconhecido pelo Ministério da Agricultura.
Com posse do registro as empresas poderão realizar aviação agrícola em território nacional, de acordo com a sua Unidade da Federação (UF). Se houver interesse em alterar a UF, será necessária uma autorização da Superintendência Federal de Agricultura (SFA) da jurisdição dos trabalhos.
Existem quatro categorias de classificação de empresas com exigências diferentes para registro: pessoa jurídica, pessoa física, órgãos públicos e entidade de ensino para curso de aviação agrícola. Todas as exigências podem visualizadas na Instrução Normativa nº 02/2008 e os documentos necessários na redação do Decreto nº86.765/1981.